Kirkon perusta laskettiin vuonna 1292 Novgorodin arkkipiispan Klimentin tilauksesta. Kirkossa on länsieurooppalaisen arkkitehtuurin elementtejä, jotka todistavat Novgorodin ja Länsi-Euroopan välillä olleita taideyhteyksiä. Kirkko vaikuttaa eheältä ja yhtenäiseltä, kuten yksi kivilohkare. Kirkko rakennettiin sille paikalle, missä tarinan mukaan 1100-luvulla Pyhän Nikolaoksen ikoni paransi ruhtinaan Mstislavin, joka sittemmin rakennutti Jaroslavin Pihalla sijaitsevan ruhtinaan Pyhän Nikolaoksen tuomiokirkon.
Lipnon saaressa sijaitsevan Pyhän Nikolaoksen kirkon pääikoni on vuonna 1294 mestari Aleksa Petrovin maalaama Pyhän Nikolaoksen ikoni. Tämä on Venäjän ensimmäisiä meidän päiviimme asti säilyneitä allekirjoitettuja ikoneja. Pyhän Nikolaoksen ikoni Lipnon saaren kirkosta esitetään Novgorodin museossa.
Kirkko sijaitsee Msta-joen suistossa olevassa Lipnon saaressa. Saarelle pääsee soutu- tai moottoriveneellä.
St. Nicholas church on the Island of Lipno from Hippo on Vimeo.